Ученые описывают четыре стадии синдрома Ретта.

I этап. Ранний, начинается в промежутке от 6 до 18 месяцев. Про этот этап часто забывают, потому что симптомы расстройства могут быть несколько расплывчаты, и родители, и врачи могут не заметить небольшие отставания в развитии. Ребенок может снизить зрительный контакт и меньше интересоваться игрушками. Могут быть задержки в моторных навыках, таких, как сидеть или ползать. Замедление в росте головы может быть на этом этапе малозаметным, чтобы привлечь внимание. Этот этап обычно длится в течение нескольких месяцев, но может продолжаться и более года.

II этап. Быстрый, разрушительный этап, как правило, начинается в возрасте от 1 года до 4 лет и может длиться в течение нескольких недель или месяцев. Его начало может быть как быстрым, так и постепенным. Ребенок теряет навыки целенаправленного управления своими руками и разговорного языка. Появляются характерные для болезни движения рук, такие, как выкручивание, хлопки, ребенок начинает постоянно руки засовывать в рот. Хаотичные движения рук продолжаются все то время, пока ребенок бодрствует, но исчезает во время сна. Нарушение дыхание во время бодрствования, такие как эпизодические апноэ и гипервентиляция, но обычно во время сна дыхание улучшается. У некоторых девочек появляются симптомы, напоминающие аутизм, такие, как потеря социального взаимодействия и общения. Могут быть неустойчивые движения при ходьбе, и затруднено начало движения. На этой стадии заметно замедление роста головы.

III этап. Его называют псевдо-стационарная стадия. Как правило, начинается в возрасте от 2 до 10 лет и может длиться в течение многих лет. Для этого этапа характерны проблемы с моторикой. Однако, могут быть улучшения в поведении, дети становятся менее раздражительны, меньше плачут, начинают немного взаимодействовать с окружающими. Многие девочки остаются на этом этапе большую часть своей жизни.

IV этап. Поздняя стадия. Этот этап может длиться годы или даже десятилетия. Характерные особенности: снижение мобильности, искривление позвоночника (сколиоз) и мышечная слабость, ригидность, повышение мышечного тонуса с аномальными позами рук, ног, или верхней части тела. Девушки, которые раньше могли ходить, могут перестать ходить. Познания, коммуникация, навыки, как правило, не снижаются. Повторяющихся движений рук может стать меньше, контакт глаз, как правило, улучшается.